هیأت امنا عالی‌ترین رکن و مرجع تصمیم‌گیری در دانشگاه است که وظایف و اختیارات آن در قانون تشکیل هیأت‌های امنای دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب جلسات 181 و 183 مورخ 1367/12/09 شورای عالی انقلاب فرهنگی) و همچنین قانون نحوه انجام امور مالی و معاملاتی دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی (مصوب 1369/10/18 مجلس شورای اسلامی) تعیین شده است.
دانشگاه‌های دولتی وابسته به وزارت عتف در استان یزد شامل دانشگاه یزد، دانشگاه اردکان و دانشگاه میبد بوده که همگی در قالب یک هیأت امنا اداره می‌شوند. در حال حاضر این هیأت امنا دارای 6 عضو حقوقی و 6 عضو حقیقی به شرح زیر بوده و دبیرخانه آن در دانشگاه یزد مستقر می‌باشد.